【位置と気候】
山都町は九州（沖縄県及び離島を除く。）の真ん中「九州のへそ（商標登録）」に位置しています。その町域は、東西約33キロメートル、南北約27キロメートルにおよび、面積は544.67平方キロメートルで、県内自治体で3番目の広さを誇ります。
世界最大級の阿蘇カルデラを形成する南外輪山のほぼ全域をおさめ、南側は九州脊梁山地に接しています。
一級河川である五ヶ瀬川、緑川は町内の山間部にある水源を源流とし、分水嶺を堺にそれぞれ東西に流れています。
標高は、200メートルから1700メートルにあり、そのうち200メートルから900メートルにある居住域については、平野部との気温差は各月平均で4度ほど低く、準高冷地の気候です。

【地勢】
山都町は、緑川を堺に、右岸の南外輪山の準高原地帯と左岸の九州脊梁山地の山岳地帯に分かれます。右岸の準高原地帯は、阿蘇カルデラが形成されるときに噴出された火砕流堆積物に覆われている台地で形成されています。外輪山山頂部を水源とする小河川は、大小多数の谷を形成し、緑川若しくは五ヶ瀬川に合流します。火砕流堆積物は、浸食作用に弱いため峡谷が形成されやすく、町内には紅葉の美しい景勝地として有名な蘇陽峡、緑仙峡、内大臣峡などがあります。また、川の急な崖にはしばしば滝が形成され、五老ケ滝（県指定名勝・天然記念物）、鵜の子滝、聖滝（県指定名勝・天然記念物）などの美しい滝が多く点在しています。

緑川左岸にあたる地域は、急峻な山岳地帯で、国見岳（1739メートル）を頂点として、西から目丸山、京丈山、高岳、三方山、向坂山、黒峰と続いていきます。この一帯は、人の手が入っていない照葉樹林や国特別天然記念物であるニホンカモシカも多数生息するなど、豊かな自然環境が数多く残されています。